因为“苏报案”，章太炎被判刑三年，邹容被判刑两年。两人虽不住一起，但在同一个“工作室”工作，且工种一样——都是裁缝。由于近视，章太炎缝补动作稍不敏捷，巡警拿着棍子立刻就招呼上了。起初章太炎还稍作反抗，但几次都被打得死去活来。他一气之下绝食七日，最后竟奇迹般地活下来了。邹容就没有那么幸运了，这位年仅二十岁的革命青年一年后就猝死在狱中。因为邹容的死，让章太炎在狱中的情况大为改善，直到三年期满出狱。

　　以一国讼一人，近代以来，不知有第二人。章太炎因此声名大藻。1906年章太炎刑满出狱，孙中山派人迎至日本，成为《民报》的主角。章太炎一接手《民报》，立即引起清政府的恐慌。清政府派唐绍仪与日本政府交涉，由日本政府出面禁了《民报》。1908年10月20日，章太炎被抓入警署。11月26日，东京地方法院裁判厅开庭审讯，章太炎据理辩驳，无懈可击；裁判长张口结舌、理屈词穷。但东京地方法院对他作出罚金150元或服役150天的判决。鲁迅、许寿裳等人代他交了罚金，章太炎才被放出来。

　　1913年二次革命失败后，刚刚新婚的章太炎顾不上蜜月，收拾包袱从上海跑到北京找袁世凯算账。临行前，妻子朋友都劝阻他，章太炎却说：“不入虎穴，焉得虎子。”大冷的天气，他只蹬一双破棉靴，穿一领油油的羊皮袄，手中绰一把鹅毛扇，扇坠吊着一枚景泰蓝大勋章，不衫不履，不伦不类。接待员问他要名片，他白眼一翻，大叫：“谁人不知，哪个不晓，我是在上海坐过三年西牢的‘章神经’！”他捺着火爆性子在接待室中踱来踱去，眼见国务总理熊希龄谈过了，副部长向瑞琨谈过了，还轮不到他。一怒之下，骂道：“向瑞琨，一个乳臭未干的小孩子见得，难道我见不得？”他径直往里闯，警卫阻拦，双方立刻起了冲突，章太炎索性一不做，二不休，操起桌上的花瓶朝大总统画像猛力掷去，“哐啷”一声巨响，“大总统”就已粉身碎骨。“章疯子”闯了祸，被卫兵强行捉入马车，当晚，只得委屈在宪兵教练处过夜。满腔怒气耿耿难消，他又指名道姓骂袁世凯为“包藏祸心”的“窃国大盗”和“独夫民贼”。反反复复骂个不止，看守他的卫兵都已心惊胆战，赶紧找来棉花，塞住受虐的耳朵。

　　章太炎被捕的消息一传开，便有高层的故旧前往总统府为他缓颊：“袁总统有精兵十万，何必畏惧一介书生，不恢复其自由呢？”袁世凯回答道：“太炎的文笔，可横扫千军，亦是可怕的东西！”袁世凯可真有幽默感，舆论的压力太大，他不好给章太炎派罪名，就定了个“疯子病发违禁”的滑稽名目，将章太炎幽禁在北京钱粮胡同的新居，这所房子原是凶宅，翌年（即1915年），章的长女即在此自缢身亡。

　　开始，章太炎并不知道自己被软禁。有一天他乘车外出赴宴时，宪兵也跳上车呈前后夹卫状，回来时也如此。章太炎一问才知道，这些宪兵是来“保护”他的，一气之下，他抄起棍子把这帮宪兵打得抱头鼠窜。
　　章太炎在被软禁期间曾想过逃跑，但从袁世凯的眼皮底下“越狱”，谈何容易。跑不成，章太炎就想与袁世凯理论。关于这个情景，版本较多，最有名的是说章太炎在新华门破口大骂三天不止。实际情况是这样：一开始，章太炎是想通过正当途径见袁世凯的，为此，他在进总统府的时候，还投了一张一尺五寸长的名片，上面只写了三个斗大的字：章炳麟。但袁世凯一直不敢见，就派手下出来搪塞，结果被章太炎给骂了回去。为了表示愤怒，他还把招待室砸了个稀巴烂。当时的执法处长陆建章这才硬着头皮出来见章太炎，并鞠躬说：“总统有要公，劳先生久候，深为抱歉！今天派我来迎先生入见。”章太炎跟着陆建章上了马车，一路被骗至龙泉寺，从此，章太炎被以“疯病”为由，禁锢在这里，后转至钱粮胡同。

　　在钱粮胡同的居所，章太炎可读书写作，亲友和弟子也可前来探望，但警方就是不给他出门的自由。“章神经”哪里受得了这套全天候包饺子似的“照顾”？他要泄愤是不会找不到办法的，先是在八尺见方的宣纸上大书“速死”二字，悬挂于厅堂正中；然后满屋子遍贴“袁世凯”字样，以杖痛击，谓之“鞭尸”。他还有一个消遣也出人意料，把得意弟子黄侃叫来，口授《中国文学史》讲义，由黄侃悉心整理，师徒二人常夤夜不辍。

　　据许寿裳回忆，章太炎被软禁后，“每日写‘袁贼、袁贼’以泄愤，又喜欢花生米下酒，吃的时候把花生的蒂去掉，说：‘杀了袁皇帝的头’。以此为乐。”他还从后花园里挖树根，修理成人形，上面写着“袁世凯”三个字，烧了之后挖个坑埋了。然后他高兴得满院子里跑，边跑边喊：“袁贼烧死啦！袁贼烧死啦！”
　　移居龙泉寺的翌日，袁世凯次子、大名士袁克文亲送锦缎被褥来章太炎居处，未敢面见章太炎。章太炎觉得窗缝外有人窥探，牵帷一看，乃是袁克文。即入室点香烟，把被褥烧成许多洞穴，累累如贯珠，遥掷户外：曰“拿去！”后来，袁世凯为了收买章太炎，就派陆建章的秘书秦某前去送钱。秦某刚把怀里的五百元钱掏出来放到桌上，章太炎站起来就把钱扔到了秦某的脸上，并瞪着眼晴斥责道：“给我滚！”秘书吓得落荒而逃。

　　章太炎被囚禁后，钱倒是随便用，章夫人汤国梨也说，章太炎在被囚期间，每月的费用是500元（当时一个丨警丨察每月薪水4元左右，大学里最牛的教授，每月不过400元）。然而，章太炎不可能痛快地就范，他必然要接着闹事。在当时的条件下，写文字不行，叫骂，袁世凯也听不到，于是只好拿看押的丨警丨察开涮。章太炎是个穷书生，一辈子没钱，生活极其简朴，可是他在软禁期间，居然一口气雇了十几个厨子和仆人（他当然知道这些仆人都是丨警丨察改扮的），而且，大摆其老爷的谱，强迫这些人称呼他为“大人”，他的客人来了，要称呼为老爷，见面要垂手低头，每逢初一十五还要向他磕头，犯了错，还要罚跪罚钱。为了将这种羞辱落实到位，他甚至强迫这些仆人照这些条件跟他具结，签字画押，害得我们的丨警丨察老爷，个个像是签了卖身契。

　　章太炎被袁世凯幽禁期间，一度决定绝食，并留下遗言：“我死之后，华夏文化亡矣!”他的弟子吴承仕、钱玄同等忙来探望，屡屡劝他进食，他都不为所动。最后，吴承仕问他：“先生，您比弥衡如何？”章答：“弥衡岂能比我？”吴接着说：“刘表要杀弥衡，自己不愿戴杀士之名，故假黄祖之手。如今袁世凯比刘表高明，他不必劳驾什么黄祖，而让先生自己杀自己！”章太炎一听，大吃一惊，马上停止绝食。

　　章太炎被袁世凯软禁期间，被迫写“劝进书”，书云：“某忆元年四月八日之誓词，言犹在耳。公今忽萌野心，妄僭天位，非惟民国之叛逆，亦且清室之罪人。某困处京师，生不如死！但冀公见我书，予以极刑，较当日死于满清恶官僚之手，尤有荣耀！”据说，老袁气得冒烟，又自嘲说：“彼一疯子，我何必与之认真也！”时称章太炎为“民国之祢衡”。

　　被囚期间，章太炎吃饭的时候坚持用银餐具，说是防止袁世凯下毒。一直到袁世凯去世，章太炎才被释放。
　　章太炎被袁世凯软禁在龙泉寺，陆建章负责执行。陆说袁曾手示八条保护太炎，如饮食起居，用款多少不计；说经讲学文字，不禁传抄；毁物骂人听之，物毁再购；早晚派人巡视，恐生意外，等等。陆对人说：“太炎先生是今之郑康成。黄巾过郑公乡，尚且避之。我奉极峰命，无论先生性情如何乖僻，必敬护之；否则并黄巾之不如了
　　狂傲
　　早年在日本，东京警视厅让章太炎填写一份户口调查表，原是例行公事，章太炎却十分不满，所填各项为：“职业——圣人；出身——私生子；年龄——万寿无疆。”因为人家都称他为“圣人”，而私生子则以日本为最多，面对章这份充满调侃意味的回答，日警们哭笑不得。
　　“苏报案”发，章太炎在法庭上嘲弄得审判员哭笑不得。对于他在《〈革命军〉序》中所写“载湉小丑”四字触犯清帝圣讳一事，他说：我只知清帝乃满人，不知所谓“圣讳”。而且按照西方的法律，人们是不避讳的，所以我直接写“载湉”，没有什么不对。再说，从字的意思来讲，“小丑”两个字中，“丑”字本来作“类”字，或做小孩子解，所以“小丑”也就是“小东西”或“小孩子”，并没有诽谤的意思。章太炎从文字学的角度进行辩说，听众席上掌声雷鸣，而无知的审判员如坠云雾里，非常尴尬。在这样一位学识渊博、雄辩滔滔的“案犯”前，他们简直不知道怎么审才好了。其中一位审判员在目瞪口呆之际，突然悟出章太炎是海内外著名的学问家，肯定是科举正途出身，便小心翼翼探身问道：“您得自何科？”太炎听此问题，更觉可笑，故作糊涂，高声回答：“我本满天飞，何窠之有？”“科”与“窠”同音，“满天飞”即浙江方言“老布衣”的意思。一说当时法官曾问章太炎有功名否，章答说：“我双脚落地，便不承认满猪，还说甚么功名呢！”