他心里愧疚吗？觉得对不起侄孙子司马奕？可能有点吧。我认为他现在的心态更多的是矛盾。
　　首先，他知道桓温一直以来的糊涂心思，就是想篡晋自立。本来司马奕是皇帝，桓温取代他和自己也没什么关系。现在自己是皇帝了，成了桓温取代的对象，性命堪忧啊。

　　其次，司马昱和桓温保持了非常好的友情，政治上的博弈，并没有影响到两人的友谊。现在两人成了死对头，自己让出皇位，固然能维持两人的友谊，却对不起司马家的列祖列宗。坚守皇位不让，就意味着和桓温翻脸。死要面子是那个时代名士的通病（桓温也有），脸面甚至比生命更重要。（重大义而轻生死，现代人的脸面则没那么值钱。）面对这个两难的抉择，司马昱很痛苦吧。
　　反观桓温也很有意思。司马昱一直很怕他，从他还只是个荆州刺史的时候，司马昱给他写信就已经低三下四了。现在他更是内外大权在握，谁都不在他眼里，可面对司马昱的哭泣，《晋书——王敦桓温列传》里记载，“温兢惧”。司马昱有什么可怕的？自己只要挥挥手，天下都是他的，还怕一个司马昱吗？这说明桓温骨子里摆脱不掉人臣的概念，虽然表面上对于皇帝和皇权不放在眼里，但是内心还是仰视的。

　　立了新君，下一步就是要打压朝中的大臣了。谢安、王彪之等人都是文臣，桓温不担心，但是太宰武陵王司马晞是个另类。司马晞也是晋元帝的儿子，是司马昱的哥哥，宗室里辈分最高，关键是司马晞对朝政没什么兴趣，却喜欢舞刀弄枪。当时的大族都有自己的部曲，就是收留一些流民，为自己种田和保家护院，这些部曲不在朝廷的户籍里面，不向朝廷纳税，说白了就是大户们的私人武装。

　　桓温历来忌惮司马晞，计划找借口废了他。桓温做事还顾及面子，打算拉王彪之一起弹劾司马晞。而王彪之一点都领情，直接拒绝了桓温。桓温看找不到帮手，自己赤膊上阵，上书称司马晞私下豢养武装力量，袁真谋反的时候还有牵连，要求罢免司马晞的官职，让他离开建康，回到自己的封地去。

　　司马昱不敢违抗桓温的意思，照做了，免了司马晞和他两个儿子的官职。
　　司马晞可能还负责皇宫的禁军，司马晞免官后，桓温立刻安插自己的手下毛安之率军负责皇家的安全。等于把司马昱软禁了起来。
　　司马晞倒台了，但是司马晞官居太宰多年，周围也形成了一个小圈子。很多和桓温不和的家族都聚拢在司马晞周围。其中就有殷浩的儿子殷涓以及庾家的后人庾倩、庾柔等。
　　殷浩去世的时候，桓温念及旧情，派人专程前往吊唁。殷浩的儿子殷涓如果这个时候礼遇桓温的使者，并回信给桓温表示感谢。守孝期满后前去拜访桓温，桓温肯定会提拔他的。就像是谢玄，一直在桓温手下，后来仕途顺畅。而殷涓肯定是把父亲的死归罪在桓温头上，心里痛恨桓温，既没有给桓温回信答谢，事后又没有去拜见桓温，而是投到了司马晞门下。庾倩、庾柔都是庾冰的儿子，因大哥庾希被免官的缘故，同时废帝司马奕的正室就是他们的亲妹妹，都和桓温不对付。

　　桓温对于这些人可不会手下留情，指使自己的弟弟桓秘逼迫新蔡王司马晃到西堂投案自首，说自己和殷娟（时任著作郎）、庾倩（时任太宰长史）、曹秀（时任太宰掾）、刘强（时任中书舍人）、庾柔（时任散骑常侍）等人谋反！
　　司马昱当然知道这就是桓温的政治追杀，然而自己宗族的人出面指认，自己也无能为力，除了哭泣别无他法。桓温下令抓捕这些人，交由廷尉（负责对有罪的官员实施惩治，不管百姓。）署审理，其实就是走个过场。最终，司马晃坦白从宽，废为庶人，保住了一条命。其他人就没那么好命了，全部被诛族！
　　桓温对殷浩的儿子都毫不留情，足见其残忍的一面。庾希抢先一步，在桓温派人来抓他之前，带着自己的儿子和六弟庾邈逃进了广陵北部的大湖中躲了起来。庾希的四弟庾蕴时任广州刺史，不在中央，听到消息后，也只能饮毒酒自杀。最搞笑的是庾希的三弟庾友，时任东阳太守，也被抓了起来准备处死。庾友福大命大，他儿子娶的老婆是桓温弟弟桓豁的女儿桓女幼，桓温的侄女。看到阖家就要惨死，桓女幼直接来找桓温，却被门口的卫兵挡住不让进。桓家的儿女自然不是善茬，当即怒骂卫兵道：“我来找我伯父，你们是什么东西，竟然敢阻拦我的道！”得进，看到桓温后放声大哭，说：“我家公（指庾友）两条腿都不一样长，走路一瘸一拐，怎么可能谋反？”桓温看到侄女如此豪放，也笑了，于是赦免了庾友一家。

　　日期：2017-01-15 11:30:09
　　南郡公桓温——有贼心没贼胆还死要面子的一代枭雄——之二十四
　　处理完司马晞的党羽，该轮到司马晞本人了。这次，又一位宗室成员御史中丞谯王司马恬（曾跟随桓温伐蜀、伐前秦的前任谯王司马无忌的儿子，袭爵。）跳出来说：按惯例，司马晞应该处死！这肯定又是受到桓温的指使。司马昱不忍司马晞被杀，下诏要求再审议审议。桓温一看遇到了阻碍，亲自上书要求杀掉司马晞，奏表的言辞非常激烈。
　　桓温要求免司马晞官职，司马昱认了；桓温要求诛杀殷涓、庾倩等人，司马昱也认了。这次又要赶尽杀绝，杀自己的哥哥司马晞，司马昱忍无可忍，终于无需再忍了。司马昱亲手写下一份诏书给桓温，里面说到：如果上天还眷顾司马家族，晋室的国祚还能长久的话，就请按照前面的诏书办理。如果晋室这条路走不通的话，哪条路是正确的，你就请自便吧！

　　看到司马昱这是要翻脸的节奏，桓温竟然害怕了！看司马昱手诏的时候，竟然变了脸色，手直发抖，汗流浃背。
　　为什么司马昱这样一句话，能把桓温刺激成这个样子呢？桓温是想篡晋不假，但是身为名士的桓温，想效仿尧舜那样和平禅让的模式，来获得天子的头衔。这种方式的核心就是一个字——“让”，而不是“夺”。所以桓温看到司马昱公然要他自取，这在桓温的道德意识里，就是乱臣贼子所为，是该被杀头的。
　　分析到这里我们不禁要为桓温的迂腐感到好笑了。分明你就是要抢夺人家的天下，还要把表面文章做足，还要给自己立贞节牌坊。做这种遗臭万年的事，还要顾及面子。中国人的这个“面子”真是害死人啊！
　　有了司马昱的以翻脸相威胁，司马晞父子得以保全了性命，但是被废为庶人，流放到新安（今浙江省淳安县）。
　　司马晞的事情告一段落后，桓温又开始折腾废帝司马奕了。此时的司马奕已经有了三个儿子，但是桓温说你司马奕身体不好，那怎么还能有儿子呢，所以这三个孩子就是司马奕的侍妾不守妇道的结果，当然不能活在世上。于是这个三个可怜的孩子和他们的母亲一同被桓温杀了。
　　桓温这一系列的杀戮，朝野震动。桓温就是要立威，这点他还真做到了。一次上朝，谢安老远看到桓温，立刻拜伏于地。桓温和谢安交情也很深厚，估计平时见面也只是作个揖，看到这次谢安对自己行此大礼，桓温也吓了一跳，急忙问谢安：“安石，出什么事啦？你要这么做？”谢安回答说：“没听说过君王在前面行拜礼（可能是司马奕被废后见到桓温要行拜礼），臣子却在后面只拱拱手。”